############################################################################## ############################################################################## ### ### Running command: ### ### /home/biocbuild/bbs-3.22-bioc/R/bin/R CMD build --keep-empty-dirs --no-resave-data --md5 DOtools ### ############################################################################## ############################################################################## * checking for file ‘DOtools/DESCRIPTION’ ... OK * preparing ‘DOtools’: * checking DESCRIPTION meta-information ... OK * installing the package to build vignettes * creating vignettes ... ERROR --- re-building ‘DOtools.Rmd’ using rmarkdown Quitting from DOtools.Rmd:279-286 [annotation] ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ Error in `lock()`: ! Cannot open lock file: Permission denied --- Backtrace: ▆ 1. └─DOtools::DO.CellTypist(...) 2. └─basilisk::basiliskRun(...) 3. └─basilisk::basiliskStart(...) 4. └─basilisk::obtainEnvironmentPath(env) 5. └─dir.expiry::lockDirectory(envdir, exclusive = !file.exists(envpath)) 6. └─filelock::lock(plock, exclusive = FALSE) ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ Error: processing vignette 'DOtools.Rmd' failed with diagnostics: Cannot open lock file: Permission denied --- failed re-building ‘DOtools.Rmd’ SUMMARY: processing the following file failed: ‘DOtools.Rmd’ Error: Vignette re-building failed. Execution halted