############################################################################## ############################################################################## ### ### Running command: ### ### /home/biocbuild/R/R/bin/R CMD build --keep-empty-dirs --no-resave-data CBEA ### ############################################################################## ############################################################################## * checking for file ‘CBEA/DESCRIPTION’ ... OK * preparing ‘CBEA’: * checking DESCRIPTION meta-information ... OK * cleaning src * installing the package to build vignettes * creating vignettes ... ERROR --- re-building ‘basic_usage.Rmd’ using rmarkdown Warning: program compiled against libxml 212 using older 211 Quitting from lines 191-213 (basic_usage.Rmd) Error: processing vignette 'basic_usage.Rmd' failed with diagnostics: subscript out of bounds --- failed re-building ‘basic_usage.Rmd’ SUMMARY: processing the following file failed: ‘basic_usage.Rmd’ Error: Vignette re-building failed. Execution halted