############################################################################## ############################################################################## ### ### Running command: ### ### /Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R CMD build --keep-empty-dirs --no-resave-data SurfR ### ############################################################################## ############################################################################## * checking for file ‘SurfR/DESCRIPTION’ ... OK * preparing ‘SurfR’: * checking DESCRIPTION meta-information ... OK * installing the package to build vignettes * creating vignettes ... ERROR --- re-building ‘Intro_to_SurfR.Rmd’ using rmarkdown Quitting from lines 382-393 [unnamed-chunk-3] (Intro_to_SurfR.Rmd) Error: processing vignette 'Intro_to_SurfR.Rmd' failed with diagnostics: cannot open the connection to 'https://api.gdc.cancer.gov/projects/TCGA-BRCA?expand=summary,summary.data_categories&pretty=true' --- failed re-building ‘Intro_to_SurfR.Rmd’ SUMMARY: processing the following file failed: ‘Intro_to_SurfR.Rmd’ Error: Vignette re-building failed. Execution halted