############################################################################## ############################################################################## ### ### Running command: ### ### /home/biocbuild/bbs-3.17-bioc/R/bin/R CMD build --keep-empty-dirs --no-resave-data dce ### ############################################################################## ############################################################################## * checking for file ‘dce/DESCRIPTION’ ... OK * preparing ‘dce’: * checking DESCRIPTION meta-information ... OK * installing the package to build vignettes * creating vignettes ... ERROR --- re-building ‘dce.Rmd’ using rmarkdown Quitting from lines 208-216 (dce.Rmd) Error: processing vignette 'dce.Rmd' failed with diagnostics: 'splitAssays' is deprecated. Use 'TCGAsplitAssays' instead. See help("TCGAutils-defunct") --- failed re-building ‘dce.Rmd’ --- re-building ‘pathway_databases.Rmd’ using rmarkdown INFO [2023-04-12 02:38:55] Processing pathbank INFO [2023-04-12 02:39:15] Processing kegg --- finished re-building ‘pathway_databases.Rmd’ SUMMARY: processing the following file failed: ‘dce.Rmd’ Error: Vignette re-building failed. Execution halted