### R code from vignette source 'Fletcher2013b.Rnw'

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### code chunk number 1: Ropts
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options(width=70)


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### code chunk number 2: Load DE gene lists (eval = FALSE)
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##   library(Fletcher2013b)
##   data(rtni1st)
##   data(rtni2nd)
##   data(rtniNormals)
##   data(rtniTALL)


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### code chunk number 3: Load DE gene lists (eval = FALSE)
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##   sigt <- Fletcher2013pipeline.deg(what="Exp1",idtype="entrez")
##   MRA1 <- Fletcher2013pipeline.mra1st(hits=sigt$E2FGF10, verbose=FALSE)


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### code chunk number 4: Run MRA analysis (eval = FALSE)
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##   MRA2 <- Fletcher2013pipeline.mra2nd(hits=sigt$E2FGF10)
##   MRA3 <- Fletcher2013pipeline.mraNormals(hits=sigt$E2FGF10)
##   MRA4 <- Fletcher2013pipeline.mraTALL(hits=sigt$E2FGF10)


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### code chunk number 5: Plot regulons from master regulators (eval = FALSE)
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##   Fletcher2013pipeline.consensusnet()


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### code chunk number 6: Plot enrichment map (eval = FALSE)
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##   Fletcher2013pipeline.enrichmap()


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### code chunk number 7: GSEA using master regulators (as hits) vs. FGFR2 signatures (as phenotype) (eval = FALSE)
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##   Fletcher2013gsea.regulons(what="Exp1")
##   Fletcher2013gsea.regulons(what="Exp2")
##   Fletcher2013gsea.regulons(what="Exp3")


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### code chunk number 8: Run synergy shadow and overlap analyses for master regulators (eval = FALSE)
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##   Fletcher2013pipeline.synergyShadow()


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### code chunk number 9: Session information
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print(sessionInfo(), locale=FALSE)