### R code from vignette source 'flagme.Rnw'
### Encoding: UTF-8

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### code chunk number 1: libraries
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require(gcspikelite)
library(flagme)


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### code chunk number 2: rawdata
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gcmsPath <- paste(find.package("gcspikelite"), "data", sep="/")
data(targets)
cdfFiles <- paste(gcmsPath, targets$FileName, sep="/")
eluFiles <- gsub("CDF", "ELU", cdfFiles)
pd <- peaksDataset(cdfFiles, mz=seq(50,550), rtrange=c(7.5,8.5))
pd <- addAMDISPeaks(pd, eluFiles)
pd


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### code chunk number 3: addXCMS
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pd.2 <- peaksDataset(cdfFiles[1:3], mz=seq(50,550), rtrange=c(7.5,8.5))
pd.2 <- addXCMSPeaks(cdfFiles[1:3], pd.2, peakPicking=c('mF'),
                     snthresh=3, fwhm=4, step=1, steps=2, mzdiff=0.5)
pd.2


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### code chunk number 4: plotexample1
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plot(pd, rtrange=c(7.5,8.5), plotPeaks=TRUE, plotPeakLabels=TRUE,
     max.near=8, how.near=0.5, col=rep(c("blue","red","black"), each=3))


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### code chunk number 5: plotexample2
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r <- 1
plotImage(pd, run=r, rtrange=c(7.5,8.5), main="")
v <- which(pd@peaksdata[[r]] > 0, arr.ind=TRUE) # find detected peaks
abline(v=pd@peaksrt[[r]])
points(pd@peaksrt[[r]][v[,2]], pd@mz[v[,1]], pch=19, cex=.6, col="white")


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### code chunk number 6: pairwisealignexample
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Ds <- c(0.1, 10, 0.1, 0.1)
gaps <- c(0.5, 0.5, 0.1, 0.9)
par(mfrow=c(2,2), mai=c(0.8466,0.4806,0.4806,0.1486))
for(i in 1:4){
  pa <- peaksAlignment(pd@peaksdata[[1]], pd@peaksdata[[2]],
                       pd@peaksrt[[1]], pd@peaksrt[[2]], D=Ds[i],
                       gap=gaps[i], metric=1, type=1) 
  plot(pa, xlim=c(0, 17), ylim=c(0, 16), matchCol="yellow",
       main=paste("D=", Ds[i], " gap=", gaps[i], sep=""))
}


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### code chunk number 7: multiplealignment
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print(targets)
ma <- multipleAlignment(pd, group=targets$Group, wn.gap=0.5, wn.D=.05,
                        bw.gap=.6, bw.D=0.05, usePeaks=TRUE,
                        filterMin=2, df=50, verbose=FALSE)
ma


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### code chunk number 8: multiplealignmentfig
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plot(pd, rtrange=c(7.5,8.5), runs=ma@betweenAlignment@runs,
     mind=ma@betweenAlignment@ind, plotPeaks=TRUE,
     plotPeakLabels=TRUE, max.near=8, how.near=.5,
     col=rep(c("blue","red","black"), each=3))


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### code chunk number 9: correlationAlignment (eval = FALSE)
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## mp <- correlationAlignment(object=pd.2, thr=0.85, D=20, penality=0.2,
##                            normalize=TRUE, minFilter=1)
## mp


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### code chunk number 10: multiplealignmentres
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ma@betweenAlignment@runs
ma@betweenAlignment@ind


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### code chunk number 11: alignmentres
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outList <- gatherInfo(pd,ma)
outList[[8]]
rtmat <- matrix(unlist(lapply(outList,.subset,"rt"), use.names=FALSE),
                nr=length(outList), byrow=TRUE)
colnames(rtmat) <- names(outList[[1]]$rt); rownames(rtmat) <- 1:nrow(rtmat)
round(rtmat, 3)


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### code chunk number 12: session
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sessionInfo()
date()