### R code from vignette source 'RMassBankXCMS.Rnw'

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### code chunk number 1: RMassBankXCMS.Rnw:24-26
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options(width=74)
#library(xtable)


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### code chunk number 2: RMassBankXCMS.Rnw:67-69
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library(RMassBank)
library(RMassBankData)


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### code chunk number 3: RMassBankXCMS.Rnw:82-97
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RmbDefaultSettings()
rmbo <- getOption("RMassBank")
rmbo$spectraList <- list(
  list(mode="CID", ces="10eV", ce="10eV", res=12000),
  list(mode="CID", ces="20eV", ce="20eV", res=12000)
)

rmbo$multiplicityFilter <- 1
rmbo$annotations$instrument <- "Bruker micrOTOFq"
rmbo$annotations$instrument_type <- "LC-ESI-QTOF"
rmbo$recalibrator$MS1 <- "recalibrate.identity"
rmbo$recalibrator$MS2 <- "recalibrate.identity"
options("RMassBank" = rmbo)




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### code chunk number 4: RMassBankXCMS.Rnw:104-105
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msmsList <- newMsmsWorkspace()


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### code chunk number 5: RMassBankXCMS.Rnw:111-114
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msmsList@files <- list.files(system.file("spectra.Glucolesquerellin",
                                         package = "RMassBankData"),
                             "Glucolesquerellin.*mzData", full.names=TRUE)


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### code chunk number 6: RMassBankXCMS.Rnw:126-127
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loadList(system.file("list/PlantDataset.csv",package="RMassBankData"))


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### code chunk number 7: RMassBankXCMS.Rnw:145-149
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Args <- list(method="centWave",
                     peakwidth=c(5,12),
                     prefilter=c(0,0),
                     ppm=25, snthr=2)


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### code chunk number 8: RMassBankXCMS.Rnw:154-155
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par(mfcol=c(2,2))


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### code chunk number 9: RMassBankXCMS.Rnw:159-163
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msmsList <- msmsRead(msmsList, files= msmsList@files, 
                     readMethod = "xcms", mode = "mH", Args = Args, plots = TRUE)
msmsList <- msmsWorkflow(msmsList, steps=2:8,
                         mode="mH", readMethod="xcms")


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### code chunk number 10: RMassBankXCMS.Rnw:173-179
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mb <- newMbWorkspace(msmsList)
mb <- resetInfolists(mb)
mb <- loadInfolist(mb,system.file("infolists/PlantDataset.csv",
                                  package = "RMassBankData"))
## Step
mb <- mbWorkflow(mb, steps=1:8)


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### code chunk number 11: RMassBankXCMS.Rnw:192-198
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msmsPeaklist <- newMsmsWorkspace()
msmsPeaklist@files <- list.files(system.file("spectra.Glucolesquerellin",
                                             package = "RMassBankData"),
                                 "Glucolesquerellin.*csv", full.names=TRUE)
msmsPeaklist <- msmsWorkflow(msmsPeaklist, steps=1:8,
                             mode="mH", readMethod="peaklist")


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### code chunk number 12: RMassBankXCMS.Rnw:205-206
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sessionInfo()