Class BasicMsa

    • Method Detail

      • getColumnAt

        public java.util.List<java.lang.Character> getColumnAt​(int col)
        Specified by:
        getColumnAt in interface Msa
      • getIdentifier

        public java.lang.String getIdentifier​(int row)
        Specified by:
        getIdentifier in interface Msa
      • getLength

        public int getLength()
        Specified by:
        getLength in interface Msa
      • getResidueAt

        public char getResidueAt​(int row,
                                 int col)
        Specified by:
        getResidueAt in interface Msa
      • getSequenceAsString

        public java.lang.StringBuffer getSequenceAsString​(int row)
        Specified by:
        getSequenceAsString in interface Msa
      • isGapAt

        public boolean isGapAt​(int row,
                               int col)
        Specified by:
        isGapAt in interface Msa
      • setIdentifier

        public void setIdentifier​(int row,
                                  java.lang.String id)
        Specified by:
        setIdentifier in interface Msa
      • setResidueAt

        public void setResidueAt​(int row,
                                 int col,
                                 char residue)
        Specified by:
        setResidueAt in interface Msa
      • toString

        public java.lang.String toString()
        Overrides:
        toString in class java.lang.Object
      • write

        public void write​(java.io.Writer w,
                          Msa.MSA_FORMAT format)
                   throws java.io.IOException
        Specified by:
        write in interface Msa
        Throws:
        java.io.IOException