### R code from vignette source 'zipfr-tutorial.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: zipfr-tutorial.Rnw:48-49 ################################################### options(useFancyQuotes=FALSE) ################################################### ### code chunk number 2: zipfr-tutorial.Rnw:80-81 (eval = FALSE) ################################################### ## install.packages("zipfR") ################################################### ### code chunk number 3: zipfr-tutorial.Rnw:93-94 ################################################### library(zipfR) ################################################### ### code chunk number 4: zipfr-tutorial.Rnw:98-99 (eval = FALSE) ################################################### ## ?zipfR ################################################### ### code chunk number 5: zipfr-tutorial.Rnw:146-147 ################################################### ItaRi.spc ################################################### 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zipfr-tutorial.Rnw:218-219 ################################################### plot(ItaRi.spc) ################################################### ### code chunk number 12: zipfr-tutorial.Rnw:222-223 ################################################### plot(ItaRi.spc, log="x") ################################################### ### code chunk number 13: zipfr-tutorial.Rnw:239-240 ################################################### with(ItaRi.spc, plot(m, Vm, main="Frequency Spectrum")) ################################################### ### code chunk number 14: zipfr-tutorial.Rnw:309-310 ################################################### head(ItaRi.emp.vgc) ################################################### ### code chunk number 15: zipfr-tutorial.Rnw:324-325 ################################################### ItaRi.emp.vgc ################################################### ### code chunk number 16: zipfr-tutorial.Rnw:329-330 ################################################### summary(ItaRi.emp.vgc) ################################################### ### code chunk number 17: zipfr-tutorial.Rnw:339-340 ################################################### plot(ItaRi.emp.vgc, add.m=1) ################################################### ### code chunk number 18: zipfr-tutorial.Rnw:369-371 ################################################### ItaRi.bin.vgc <- vgc.interp(ItaRi.spc, N(ItaRi.emp.vgc), m.max=1) head(ItaRi.bin.vgc) ################################################### ### code chunk number 19: zipfr-tutorial.Rnw:395-397 ################################################### plot(ItaRi.emp.vgc, ItaRi.bin.vgc, legend=c("observed", "interpolated")) ################################################### ### code chunk number 20: zipfr-tutorial.Rnw:428-430 ################################################### V(ItaRi.emp.vgc)[N(ItaRi.emp.vgc) == 50000] V(ItaRi.spc) ################################################### ### code chunk number 21: zipfr-tutorial.Rnw:478-479 ################################################### ItaRi.fzm <- lnre("fzm", ItaRi.spc, exact=FALSE) ################################################### ### code chunk number 22: zipfr-tutorial.Rnw:494-495 ################################################### summary(ItaRi.fzm) ################################################### ### code chunk number 23: zipfr-tutorial.Rnw:513-514 ################################################### ItaRi.fzm.spc <- lnre.spc(ItaRi.fzm, N(ItaRi.fzm)) ################################################### ### code chunk number 24: zipfr-tutorial.Rnw:519-520 ################################################### plot(ItaRi.spc, ItaRi.fzm.spc, legend=c("observed", "fZM")) ################################################### ### code chunk number 25: zipfr-tutorial.Rnw:531-532 ################################################### ItaRi.fzm.vgc <- lnre.vgc(ItaRi.fzm, (1:100) * 28e3) ################################################### ### code chunk number 26: zipfr-tutorial.Rnw:549-551 ################################################### plot(ItaRi.emp.vgc, ItaRi.fzm.vgc, N0=N(ItaRi.fzm), legend=c("observed", "fZM")) ################################################### ### code chunk number 27: zipfr-tutorial.Rnw:612-614 ################################################### set.seed(42) ItaRi.sub.spc <- sample.spc(ItaRi.spc, N=700000) ################################################### ### code chunk number 28: zipfr-tutorial.Rnw:621-623 ################################################### ItaRi.sub.fzm <- lnre("fzm", ItaRi.sub.spc, exact=FALSE) ItaRi.sub.fzm ################################################### ### code chunk number 29: zipfr-tutorial.Rnw:633-634 ################################################### ItaRi.sub.fzm.vgc <- lnre.vgc(ItaRi.sub.fzm, N=N(ItaRi.emp.vgc)) ################################################### ### code chunk number 30: zipfr-tutorial.Rnw:644-646 ################################################### plot(ItaRi.bin.vgc, ItaRi.sub.fzm.vgc, N0=N(ItaRi.sub.fzm), legend=c("interpolated", "fZM")) ################################################### ### code chunk number 31: zipfr-tutorial.Rnw:685-687 ################################################### V(ItaUltra.spc) V(ItaRi.spc) ################################################### ### code chunk number 32: zipfr-tutorial.Rnw:693-695 ################################################### N(ItaUltra.spc) N(ItaRi.spc) ################################################### ### code chunk number 33: zipfr-tutorial.Rnw:702-704 ################################################### ItaUltra.fzm <- lnre("fzm", ItaUltra.spc, exact=FALSE) ItaUltra.ext.vgc <- lnre.vgc(ItaUltra.fzm, N(ItaRi.emp.vgc)) ################################################### ### code chunk number 34: zipfr-tutorial.Rnw:709-710 ################################################### plot(ItaUltra.ext.vgc, ItaRi.bin.vgc, legend=c("ultra-", "ri-")) ################################################### ### code chunk number 35: zipfr-tutorial.Rnw:724-725 (eval = FALSE) ################################################### ## data(package="zipfR") ################################################### ### code chunk number 36: zipfr-tutorial.Rnw:729-730 (eval = FALSE) ################################################### ## ?ItaRi.spc ################################################### ### code chunk number 37: zipfr-tutorial.Rnw:787-788 ################################################### V(Brown100k.spc) ################################################### ### code chunk number 38: zipfr-tutorial.Rnw:797-799 ################################################### Vseen <- V(Brown100k.spc) - Vm(Brown100k.spc, 1) Vseen ################################################### ### code chunk number 39: zipfr-tutorial.Rnw:805-806 ################################################### Vseen / V(Brown100k.spc) ################################################### ### code chunk number 40: zipfr-tutorial.Rnw:812-813 ################################################### Vm(Brown100k.spc, 1) / N(Brown100k.spc) ################################################### ### code chunk number 41: zipfr-tutorial.Rnw:843-845 ################################################### Brown100k.zm <- lnre("zm", Brown100k.spc) Brown100k.zm ################################################### ### code chunk number 42: zipfr-tutorial.Rnw:862-863 ################################################### EV(Brown100k.zm, c(1e6, 10e6, 100e6)) ################################################### ### code chunk number 43: zipfr-tutorial.Rnw:870-871 ################################################### Vseen / EV(Brown100k.zm, c(1e6, 10e6, 100e6)) ################################################### ### code chunk number 44: zipfr-tutorial.Rnw:876-877 ################################################### 1 - (Vseen / EV(Brown100k.zm, c(1e6, 10e6, 100e6))) ################################################### ### code chunk number 45: zipfr-tutorial.Rnw:885-887 ################################################### N(Brown.spc) V(Brown.spc) ################################################### ### code chunk number 46: zipfr-tutorial.Rnw:891-892 ################################################### EV(Brown100k.zm, N(Brown.spc)) ################################################### ### code chunk number 47: zipfr-tutorial.Rnw:899-901 ################################################### 1 - (Vseen / V(Brown.spc)) 1 - (Vseen / EV(Brown100k.zm, N(Brown.spc))) ################################################### ### code chunk number 48: zipfr-tutorial.Rnw:927-928 ################################################### Brown.zm.spc <- lnre.spc(Brown100k.zm, N(Brown.spc)) ################################################### ### code chunk number 49: zipfr-tutorial.Rnw:939-940 ################################################### EV(Brown100k.zm, N(Brown.spc)) - Vseen ################################################### ### code chunk number 50: zipfr-tutorial.Rnw:946-948 ################################################### sum(Vm(Brown.zm.spc, 1)) sum(Vm(Brown.zm.spc, 1:2)) ################################################### ### code chunk number 51: zipfr-tutorial.Rnw:951-952 ################################################### sum(Vm(Brown.zm.spc, 1:6)) ################################################### ### code chunk number 52: zipfr-tutorial.Rnw:961-963 ################################################### Noov.zm <- sum(Vm(Brown.zm.spc, 1:6) * (1:6)) Noov.zm ################################################### ### code chunk number 53: zipfr-tutorial.Rnw:967-968 ################################################### Noov.zm / N(Brown.spc) ################################################### ### code chunk number 54: zipfr-tutorial.Rnw:977-978 ################################################### V(Brown.spc) - Vseen ################################################### ### code chunk number 55: zipfr-tutorial.Rnw:983-984 ################################################### sum(Vm(Brown.spc, 1:13)) ################################################### ### code chunk number 56: zipfr-tutorial.Rnw:989-992 ################################################### Noov.emp <- sum(Vm(Brown.spc, 1:13) * (1:13)) Noov.emp Noov.emp / N(Brown.spc) ################################################### ### code chunk number 57: zipfr-tutorial.Rnw:1014-1015 ################################################### Brown10M.zm.spc <- lnre.spc(Brown100k.zm, 10e6) ################################################### ### code chunk number 58: zipfr-tutorial.Rnw:1026-1027 ################################################### sum(Vm(Brown10M.zm.spc, 1:18) * (1:18)) ################################################### ### code chunk number 59: zipfr-tutorial.Rnw:1032-1033 ################################################### sum(Vm(Brown10M.zm.spc, 1:18)) ################################################### ### code chunk number 60: zipfr-tutorial.Rnw:1039-1040 ################################################### EV(Brown100k.zm, 10e6) - sum(Vm(Brown10M.zm.spc, 1:18))