### R code from vignette source 'NAobjects.Rnw'

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### code chunk number 1: NAobjects.Rnw:22-23
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options(SweaveHooks=list(fig=function() par(mar=c(1,1,1,1))))


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### code chunk number 2: NAobjects.Rnw:28-36
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library(spatstat)
requireversion(spatstat.geom, "3.5-0.003")
spatstat.options(image.colfun=function(n) { grey(seq(0,1,length=n)) })
sgversion <- read.dcf(file = system.file("DESCRIPTION", 
                                         package = "spatstat.geom"),
                      fields = "Version")
options(useFancyQuotes=FALSE)
set.seed(42) # for repeatability


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### code chunk number 3: NAobjects.Rnw:118-120
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X <- NAobject("ppp")
X


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### code chunk number 4: NAobjects.Rnw:136-138
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pats <- solist(cells, NAobject("ppp"), redwood)
pats


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### code chunk number 5: NAobjects.Rnw:147-149
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m <- hyperframe(X=runif(3), Y=pats)
m


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### code chunk number 6: NAobjects.Rnw:159-162
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Z <- NAobject("ppp")
is.NAobject(Z)
is.NAobject(cells)


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### code chunk number 7: NAobjects.Rnw:167-168
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inherits(Z, what="NAobject")


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### code chunk number 8: NAobjects.Rnw:180-181
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is.na(pats)


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### code chunk number 9: NAobjects.Rnw:188-191
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U <- list(cells, Z, cells)
sapply(U, is.NAobject)
sapply(U, inherits, what="NAobject")


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### code chunk number 10: NAobjects.Rnw:198-200
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h <- hyperframe(z=1:3, p=pats)
h


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### code chunk number 11: NAobjects.Rnw:207-208
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is.na(h)


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### code chunk number 12: NAobjects.Rnw:220-223
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blah <- letters[1:4]
blah[2] <- NA
blah


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### code chunk number 13: NAobjects.Rnw:229-231
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is.character(blah[2])
identical(blah[2], NA_character_)


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### code chunk number 14: NAobjects.Rnw:242-245
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Y <- rpoispp(10, nsim=3)
Y[[2]] <- NA
Y


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### code chunk number 15: NAobjects.Rnw:252-253
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solist(cells, NA, redwood)


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### code chunk number 16: NAobjects.Rnw:262-266
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g <- hyperframe(A=letters[1:3], B=rpoispp(10, nsim=3), D=runif(3))
g
g[2,2] <- NA
g


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### code chunk number 17: NAobjects.Rnw:272-274
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g[3, ] <- NA
g


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### code chunk number 18: NAobjects.Rnw:281-283
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g[,2] <- NA
g


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### code chunk number 19: NAobjects.Rnw:315-317 (eval = FALSE)
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##   X <- NAobject("ppp") 
##   K <- Kest(X)


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### code chunk number 20: NAobjects.Rnw:326-328
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  X <- NAobject("ppp")
  K <- if(is.NAobject(X)) NAobject("fv") else Kest(X)


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### code chunk number 21: NAobjects.Rnw:360-364
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A <- solapply(pats, Window)
B <- anylapply(pats, Kest)
D <- solapply(pats, Kest, demote=TRUE)
E <- anylapply(pats, npoints)


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### code chunk number 22: NAobjects.Rnw:383-387
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K <- with(m, Kest(Y))
m$G <- with(m, Gest(Y))
m$u <- with(m, clarkevans.test(Y))
with(m, u$p.value)