### R code from vignette source 'pmultinom.Rnw'
### Encoding: UTF-8

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### code chunk number 1: pmultinom.Rnw:37-40
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library(pmultinom)
ncells <- 204
subclone.freqs <- c(43, 20, 82, 17, 5, 37)/ncells


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### code chunk number 2: pmultinom.Rnw:43-44
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target.number <- c(2, 2, 2, 2, 2, 0)


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### code chunk number 3: pmultinom.Rnw:47-48
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lower.bound <- target.number - 1


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### code chunk number 4: pmultinom.Rnw:51-52
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pmultinom(lower=lower.bound, size=ncells, probs=subclone.freqs, method="exact")


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### code chunk number 5: pmultinom.Rnw:55-60
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xvals <- 0:450
path <- pmultinom(lower=lower.bound, size=xvals, probs=subclone.freqs, method="exact")
plot(xvals, path, type='l',
     main="Probability of observing >=2 from each clone",
     xlab="number of cells", ylab="probability")


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### code chunk number 6: pmultinom.Rnw:63-65
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invert.pmultinom(lower=lower.bound, probs=subclone.freqs,
                 target.prob=.95, method="exact")