### R code from vignette source 'locfdr-example.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: Preliminaries ################################################### library(locfdr) data(lfdrsim) zex <- lfdrsim[, 2] ################################################### ### code chunk number 2: Compute-local-fdr ################################################### w <- locfdr(zex) ################################################### ### code chunk number 3: Show fp0 ################################################### w$fp0 ################################################### ### code chunk number 4: Show mat ################################################### w$mat[1:5,] ################################################### ### code chunk number 5: list interesting cases ################################################### which(w$fdr<.2) ################################################### ### code chunk number 6: tail FDP ################################################### sum(which(w$fdr<.2)>200)/sum(w$fdr<.2) ################################################### ### code chunk number 7: tail FDR ################################################### w$mat[which(w$mat[,"fdr"]<.2)[1],"Fdrright"]