### R code from vignette source 'hcl-colors.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: preliminaries ################################################### options(prompt = "R> ", continue = "+ ") library("colorspace") library("vcd") library("mvtnorm") library("kernlab") library("KernSmooth") ################################################### ### code chunk number 2: pal ################################################### pal <- function(col, border = "light gray", ...) { n <- length(col) plot(0, 0, type="n", xlim = c(0, 1), ylim = c(0, 1), axes = FALSE, xlab = "", ylab = "", ...) rect(0:(n-1)/n, 0, 1:n/n, 1, col = col, border = border) } ################################################### ### code chunk number 3: pal-q (eval = FALSE) ################################################### ## pal(rainbow_hcl(4, start = 30, end = 300), main = "dynamic") ## pal(rainbow_hcl(4, start = 60, end = 240), main = "harmonic") ## pal(rainbow_hcl(4, start = 270, end = 150), main = "cold") ## pal(rainbow_hcl(4, start = 90, end = -30), main = "warm") ################################################### ### code chunk number 4: pal-q1 ################################################### par(mfrow = c(2, 2), mar = c(0, 0, 3, 0)) pal(rainbow_hcl(4, start = 30, end = 300), main = "dynamic") pal(rainbow_hcl(4, start = 60, end = 240), main = "harmonic") pal(rainbow_hcl(4, start = 270, end = 150), main = "cold") pal(rainbow_hcl(4, start = 90, end = -30), main = "warm") ################################################### ### code chunk number 5: pal-s (eval = FALSE) ################################################### ## pal(sequential_hcl(12, c = 0, power = 2.2)) ## pal(sequential_hcl(12, power = 2.2)) ## pal(heat_hcl(12, c = c(80, 30), l = c(30, 90), power = c(1/5, 2))) ## pal(terrain_hcl(12, c = c(65, 0), l = c(45, 90), power = c(1/2, 1.5))) ## pal(rev(heat_hcl(12, h = c(0, -100), c = c(40, 80), l = c(75, 40), ## power = 1))) ################################################### ### code chunk number 6: pal-s1 ################################################### par(mfrow = c(5, 1), mar = c(0, 0, 0, 0)) pal(sequential_hcl(12, c = 0, power = 2.2)) pal(sequential_hcl(12, power = 2.2)) pal(heat_hcl(12, c = c(80, 30), l = c(30, 90), power = c(1/5, 2))) pal(terrain_hcl(12, c = c(65, 0), l = c(45, 90), power = c(1/2, 1.5))) pal(rev(heat_hcl(12, h = c(0, -100), c = c(40, 80), l = c(75, 40), power = 1))) ################################################### ### code chunk number 7: pal-d (eval = FALSE) ################################################### ## pal(diverging_hcl(7)) ## pal(diverging_hcl(7, c = 100, l = c(50, 90), power = 1)) ## pal(diverging_hcl(7, h = c(130, 43), c = 100, l = c(70, 90))) ## pal(diverging_hcl(7, h = c(180, 330), c = 59, l = c(75, 95))) ################################################### ### code chunk number 8: pal-d1 ################################################### par(mfrow = c(4, 1), mar = c(0, 0, 0, 0)) pal(diverging_hcl(7)) pal(diverging_hcl(7, c = 100, l = c(50, 90), power = 1)) pal(diverging_hcl(7, h = c(130, 43), c = 100, l = c(70, 90))) pal(diverging_hcl(7, h = c(180, 330), c = 59, l = c(75, 95))) ################################################### ### code chunk number 9: seats-data ################################################### seats <- structure(c(226, 61, 54, 51, 222), .Names = c("CDU/CSU", "FDP", "Linke", "Gruene", "SPD")) seats ################################################### ### code chunk number 10: seats-colors ################################################### parties <- rainbow_hcl(6, c = 60, l = 75)[c(5, 2, 6, 3, 1)] names(parties) <- names(seats) ################################################### ### code chunk number 11: seats (eval = FALSE) ################################################### ## pie(seats, clockwise = TRUE, col = parties, radius = 1) ################################################### ### code chunk number 12: seats1 ################################################### par(mar = rep(0.8, 4)) pie(seats, clockwise = TRUE, col = parties, radius = 1) ################################################### ### code chunk number 13: votes-data ################################################### data("Bundestag2005", package = "vcd") votes <- Bundestag2005[c(1, 3:5, 9, 11, 13:16, 2, 6:8, 10, 12), c("CDU/CSU", "FDP", "SPD", "Gruene", "Linke")] ################################################### ### code chunk number 14: votes (eval = FALSE) ################################################### ## mosaic(votes, gp = gpar(fill = parties[colnames(votes)])) ################################################### ### code chunk number 15: votes (eval = FALSE) ################################################### ## mosaic(votes, gp = gpar(fill = parties[colnames(votes)]), ## spacing = spacing_highlighting, labeling = labeling_left, ## labeling_args = list(rot_labels = c(0, 90, 0, 0), ## varnames = FALSE, pos_labels = "center", ## just_labels = c("center", "center", "center", "right")), ## margins = unit(c(2.5, 1, 1, 12), "lines"), ## keep_aspect_ratio = FALSE) ################################################### ### code chunk number 16: votes1 ################################################### mosaic(votes, gp = gpar(fill = parties[colnames(votes)]), spacing = spacing_highlighting, labeling = labeling_left, labeling_args = list(rot_labels = c(0, 90, 0, 0), varnames = FALSE, pos_labels = "center", just_labels = c("center", "center", "center", "right")), margins = unit(c(2.5, 1, 1, 12), "lines"), keep_aspect_ratio = FALSE) ################################################### ### code chunk number 17: bkde-fit ################################################### library("KernSmooth") data("geyser", package = "MASS") dens <- bkde2D(geyser[,2:1], bandwidth = c(0.2, 3), gridsize = c(201, 201)) ################################################### ### code chunk number 18: bkde1 (eval = FALSE) ################################################### ## image(dens$x1, dens$x2, dens$fhat, xlab = "duration", ylab = "waiting time", ## col = rev(heat_hcl(33, c = 0, l = c(30, 90), power = c(1/5, 1.3)))) ################################################### ### code chunk number 19: bkde2 (eval = FALSE) ################################################### ## image(dens$x1, dens$x2, dens$fhat, xlab = "duration", ylab = "waiting time", ## col = rev(heat_hcl(33, c = c(80, 30), l = c(30, 90), power = c(1/5, 1.3)))) ################################################### ### code chunk number 20: bkde3 ################################################### par(mfrow = c(1, 2)) image(dens$x1, dens$x2, dens$fhat, xlab = "duration", ylab = "waiting time", col = rev(heat_hcl(33, c = 0, l = c(30, 90), power = c(1/5, 1.3)))) box() image(dens$x1, dens$x2, dens$fhat, xlab = "duration", ylab = "waiting time", col = rev(heat_hcl(33, c = c(80, 30), l = c(30, 90), power = c(1/5, 1.3)))) box() ################################################### ### code chunk number 21: bkde-fit2 ################################################### library("KernSmooth") geyser2 <- cbind(geyser$duration[-299], geyser$waiting[-1]) dens2 <- bkde2D(geyser2, bandwidth = c(0.2, 3), gridsize = c(201, 201)) ################################################### ### code chunk number 22: bkde4 (eval = FALSE) ################################################### ## image(dens2$x1, dens2$x2, dens2$fhat, xlab = "duration", ylab = "waiting time", ## col = rev(heat_hcl(33, c = 0, l = c(30, 90), power = c(1/5, 1.3)))) ################################################### ### code chunk number 23: bkde5 (eval = FALSE) ################################################### ## image(dens2$x1, dens2$x2, dens2$fhat, xlab = "duration", ylab = "waiting time", ## col = rev(heat_hcl(33, c = c(80, 30), l = c(30, 90), power = c(1/5, 1.3)))) ################################################### ### code chunk number 24: bkde6 ################################################### par(mfrow = c(1, 2)) image(dens2$x1, dens2$x2, dens2$fhat, xlab = "duration", ylab = "waiting time", col = rev(heat_hcl(33, c = 0, l = c(30, 90), power = c(1/5, 1.3)))) box() image(dens2$x1, dens2$x2, dens2$fhat, xlab = "duration", ylab = "waiting time", col = rev(heat_hcl(33, c = c(80, 30), l = c(30, 90), power = c(1/5, 1.3)))) box() ################################################### ### code chunk number 25: arthritis-data ################################################### art <- xtabs(~ Treatment + Improved, data = Arthritis, subset = Sex == "Female") ################################################### ### code chunk number 26: arthritis (eval = FALSE) ################################################### ## set.seed(1071) ## mosaic(art, gp = shading_max, gp_args = list(n = 5000)) ################################################### ### code chunk number 27: arthritis1 ################################################### set.seed(1071) mosaic(art, gp = shading_max, gp_args = list(n = 5000)) ################################################### ### code chunk number 28: svm-data ################################################### library("mvtnorm") set.seed(123) x1 <- rmvnorm(75, mean = c(1.5, 1.5), sigma = matrix(c(1, 0.8, 0.8, 1), ncol = 2)) x2 <- rmvnorm(75, mean = c(-1, -1), sigma = matrix(c(1, -0.3, -0.3, 1), ncol = 2)) X <- rbind(x1, x2) ex1 <- data.frame(class = factor(c(rep("a", 75), rep("b", 75))), x1 = X[,1], x2 = X[,2]) ################################################### ### code chunk number 29: svm-fit ################################################### library("kernlab") fm <- ksvm(class ~ ., data = ex1, C = 0.5) ################################################### ### code chunk number 30: svm (eval = FALSE) ################################################### ## plot(fm, data = ex1) ################################################### ### code chunk number 31: svm1 ################################################### plot(fm, data = ex1)